Ende 1819 trat Ulrich Zellweger in Marseille mit 15 Jahren in ein Handelshaus ein. Nach vierjähriger kaufmännischer Ausbildung ging er nach London, um gemeinsam mit seinem Freund von Orelli aus Zürich eine eigene Firma, namens «Orelli & Zellweger» zu gründen. Zuerst nahmen sie Bestellungen von kontinentalen Manufakturen entgegen, danach versuchten sie sich mit der Fabrikation von Hornkämmen für Damen. Leider waren sie dabei nur mässig erfolgreich, weshalb sie die Firma 1830 auflösen mussten. Nicht zuletzt wegen seiner Schulden suchte nun Ulrich Zellweger sein Glück in Übersee, genauer auf Kuba in Havanna. Es war damals der wichtigste Handelsplatz der Karibischen Inseln. 1835 wurde er Teilhaber der Handelsfirma Charles Drake & Co., die er später zusammen mit dem Basler Charles Respinger übernehmen sollte.
1848 gründete er mit seinem alten Basler Geschäftsfreund Charles Respinger das Bankhaus «Ulrich Zellweger & Cie.» in Paris, das sehr erfolgreich wirtschaftete. Er verheiratete sich 1850 ein zweites Mal, und zwar mit der Baslerin Cécile Ryhiner. Sie bekamen sechs Kinder. 1857 liess er sich definitiv in Basel nieder. Er engagierte sich weiterhin in der Bank in Paris, aber widmete sich auch der Armenfürsorge in Basel und Trogen. Unter anderem gründete er eine «Erziehungs- und Webanstalt» in Trogen. Dort entwickelte er einen modernen Landwirtschaftsbetrieb.
1858 wurde Ulrich Zellweger von den Mitgliedern des Komitees der Basler Mission eingeladen, beizutreten. Ohne zu zögern, nahm er diese Einladung an, denn seine Hauptanliegen waren die Entwicklungshilfe für Bedürftige und die Überwindung der Sklaverei durch die Schaffung von Handelsstationen und die Förderung der einheimischen Baumwollkultur in Westafrika. Alsbald, nämlich im Jahre 1859, wurde auch eine Missions-Handlungs-Gesellschaft gegründet. Er wollte die kaufmännischen Tätigkeiten von der eigentlichen Missionsarbeit trennen, um die langfristige Finanzierung der Basler Mission sicherzustellen. Im Ersten Weltkrieg trennte sich die Handlungs-Gesellschaft offiziell von der Basler Mission und hiess nun Basler Handels-Gesellschaft. Nach sechsjähriger intensiver Arbeit kam es aber mit der Mission zum Bruch; Zellweger trat 1864 als Präsident der Handlungs-Kommission zurück und schied auch aus dem Komitee aus.
1862 wurde Ulrich Zellweger mit der Gründung des «Appenzeller Sonntagsblattes» verlegerisch aktiv, und 1866 war er Initiant und erster Präsident der Privatbank «Bank für Appenzell A.Rh.».
Am 19. Januar 1871 verstarb Ulrich Zellweger in Trogen.
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